Osnivanjem Katedre brodogradnje akad. god. 1968./1969. na tadašnjem Strojarskom fakultetu u Rijeci i formalno je započelo nastavno, istraživačko i stručno djelovanje u području brodogradnje. Katedra brodogradnje je imala zadatak da u prvo vrijeme organizira nastavu iz brodograđevnih kolegija “Osnove i oprema broda” i “Otpor i propulzija broda” na studiju brodostrojarstva. Za predstojnika Katedre imenovan je, tada, izv. prof. Zlatko Winkler. Na njegov poticaj, akad. god. 1969./1970. osniva se studij brodogradnje i vrlo brzo se pokazuje potreba za angažiranjem u nastavi većeg broja afirmiranih i istaknutih stručnjaka, te suradnika u nastavi.
U skladu s reorganizacijom Fakulteta 1970. godine osniva se Zavod za brodogradnju. U Zavodu se 1974. godine organiziraju Grupe kolegija studija brodogradnje, a nastavnim planom studija brodogradnje od akad. god. 1977./1978. predviđaju se i novi nastavni sadržaji, što zahtijeva angažiranje i povezivanje u radu većeg broja nastavnika. Na taj način su osnovane Grupa kolegija za teoriju broda, Grupa kolegija za konstrukciju broda, Grupa kolegija za gradnju broda te Grupa kolegija za osnivanje broda.
Istovremeno s jačanjem nastavne djelatnosti Zavod razvija i znanstveno-istraživački rad u području brodogradnje i inženjerstva morske tehnologije, a u suradnji s ostalim zavodima Fakulteta kao i u suradnji s drugim znanstveno-nastavnim i znanstveno-istraživačkim institucijama u zemlji i inozemstvu. Svoju djelatnost Zavod je ostvarivao, prije svega, njegovanjem određenih područja odnosno znanstvenih disciplina iz područja brodogradnje kao što su hidromehanika plovnih objekata, osnivanje plovnih objekata, konstruiranje plovnih objekata, tehnologija gradnje i održavanja plovnih objekata, organiziranje brodograđevne proizvodnje te inženjerstvo morske tehnologije.
Od samog osnivanja Katedra brodogradnje je bila uključena u organizirani znanstveno-istraživački rad na razini države, te su u tom smislu članovi Zavoda vodili istraživačke projekte iz područja brodogradnje ili sudjelovali u njihovom ostvarivanju, izrađivali planove i programe znanstvenih istraživanja u brodogradnji, te su ujedno postali nositelji pojedinih zadataka i autori niza objavljenih radova. Kasnije se Zavod pored područja brodogradnje i inženjerstva morske tehnologije, usmjerio i u druga znanstvena i interdisciplinarna područja, prvenstveno na strojarstvo, tehnologiju prometa, morsku tehnologiju i ekologiju. U svakom je slučaju potrebno istaknuti da je Zavod bio inicijator i organizator čitavog niza zapaženih stručnih i znanstvenih skupova, seminara, savjetovanja, i dr. Na temelju razvoja novih područja i širenja svojih djelatnosti, Zavod za brodogradnju je 1981. godine promijenio naziv u Zavod za brodogradnju i inženjerstvo morske tehnologije.
Nastavna, znanstvena i stručna djelatnost Zavoda za brodogradnju i inženjerstvo morske tehnologije odvija se u širem području brodogradnje i inženjerstva morske tehnologije. Znanstvenu djelatnost Zavod ostvaruje istraživanjima u području osnivanja brodova i objekata morske tehnologije, zatim u području otpora i propulzije plovnih objekata, pomorstvenosti broda, čvrstoće i konstrukcije broda, tehnologije gradnje plovnih objekata i organizacije brodograđevne proizvodnje. Zavod sačinjava pet katedara koje razvijaju, objedinjavaju i ostvaruju nastavnu, znanstvenu i stručnu djelatnost u svom užem području. U sastavu Zavoda djeluju i četiri laboratorija: Laboratorij za brodogradnju, Laboratorij za brodsku hidromehaniku, Laboratorij za inženjerstvo morske tehnologije i Laboratorij za računarsko inženjerstvo u brodogradnji. Materijalno stanje i financijske poteškoće nisu mimoišle laboratorije što je imalo velikog odraza na njihovo opremanje.
Danas uspješni i afirmirani studiji brodogradnje koji su se proteklih desetljeća razvijali u nekoliko razvojnih etapa nastavne i znanstveno-istraživačke djelatnosti, prvenstveno se oslanjaju na Zavod za brodogradnju i inženjerstvo morske tehnologije premda su u nastavu na studijima brodogradnje, s odgovarajućim sadržajima praktički uključeni svi zavodi Fakulteta. Aktivnosti Zavoda vezane uz studije brodogradnje obuhvaćaju organiziranje te izvođenje nastave kao i razvoj i unapređenje studijskih programa. Znanstvena i stručna usmjerenost članova Zavoda kao i povezanost s brodograđevnom industrijom u regiji u velikoj mjeri utječe na ostvarivanje studijskih programa u cilju izobrazbe budućih brodograđevnih stručnjaka. Suradnjom Zavoda s brodogradilištima i drugim brodograđevnim tvrtkama omogućen je i vrijedan angažman vanjskih suradnika koji na taj način dio sadržaja stručnih predmeta direktno prenose studentima.
Znanstveno-istraživački rad u Zavodu provodi se u okviru projekata koji su uglavnom bili financirani od strane Ministarstva znanosti, obrazovanja i sporta RH, a sada od strane Sveučilišta u Rijeci i Hrvatske zaklade za znanost. Rezultati znanstveno-istraživačkog rada objavljuju se u uglednim međunarodnim i domaćim časopisima i skupovima. Pri tome se posebno mogu istaknuti časopis „Brodogradnja“ te simpozij “Teorija i praksa brodogradnje, in memoriam prof. Leopold Sorta” u radu kojih članovi Zavoda imaju istaknutu ulogu. Zavod aktivno sudjeluje u organizaciji i radu skupa “Savjetovanje o morskoj tehnologiji, in memoriam akademiku Zlatku Winkleru” koji se održava na Tehničkom fakultetu, a od međunarodnih skupova može se spomenuti “International Congress of International Maritime Association of Mediterranean (IMAM)” na kojem se redovito sudjeluje. Tehnički fakultet u Rijeci je kroz Zavod postao stalni član ovog međunarodnog udruženja 2002. godine.
Pojedini članovi Zavoda dobitnici su i više visokih nagrada, a može se navesti i njihov rad u mnogim tijelima kao što su Sekcija za morsku brodogradnju i Sekcija za morsku tehnologiju Znanstvenog vijeća za pomorstvo HAZU, tehnički odbori Hrvatskog zavoda za norme te Stručne komisije za ocjenjivanje tehničkih pravila Hrvatskog registra brodova. Vrijedno je nadalje spomenuti da je kroz znanstveno-istraživački rad ostvareno više originalnih programskih paketa, a također se mogu istaknuti aktivnosti pojedinih članova u raznim inovacijskim djelatnostima te certifikaciji plovila.
Prepoznatljivost Zavoda za brodogradnju i inženjerstvo morske tehnologije ogleda se kroz njegove aktivnosti koje nedvojbeno mogu naći svoje mjesto u brodograđevnoj, metaloprerađivačkoj i procesnoj industriji, projektantskim i konzultantskim tvrtkama, osiguravajućim i klasifikacijskim društvima, tvrtkama za izradu tehničkog softvera, maloj brodogradnji te brodarstvu i prometnim organizacijama.